（一）图案

院旗中间上方为院徽，在院徽正下方为院名称的中英文全称。

（二）颜色

旗面为浅蓝色，中英文字样为白色。

（三）规格

1号院旗：长288厘米，高192厘米；

2号院旗：长240厘米，高160厘米；

3号院旗：长192厘米，高128厘米；

4号院旗：长144厘米，高96厘米；

5号院旗：长96厘米，高64厘米。

以4号院旗为例，院徽左右居中，院徽上边缘距院旗上边12厘米；“中国热带农业科学院”中英文字样左右居中，中文在上，英文在下，英文字样的下边缘距院旗下边13厘米。